實驗結束后應該對操作臺面，儀器，實驗用具及環境進行清潔，這對污染的控制尤為重要。
1、實驗后所有的試劑按照要求進行存放，廢料和廢液及時清理，避免存放過多和過久，廢液缸用有效氯含量為2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、離心管架、試管架等可重復使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中過夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、對各區的生物安全柜、潔凈工作臺先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外燈進行消毒處理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液對設備表面、臺面、地面、物品表面、傳遞窗內及門窗進行擦拭，再用純化水對設備表面、臺面、進行擦拭，避免消毒液對實驗器具的腐蝕，儀器如核酸提取儀采用內部紫外消毒程序進行照射；
5、操作臺面使用移動紫外消毒車近距離輻照1小時，應使燈管距離工作區的距離在60-90cm；實驗室內則使用室內紫外燈整晚輻照。
PCR實驗室中的氣溶膠污染來源于兩個過程：樣本制備過程和PCR擴增過程。
在樣本制備過程中，樣本液體面與空氣摩擦就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地搖動反應管、開蓋時、吸樣時及加樣器的反復吸樣都可能形成氣溶膠而污染；PCR擴增過程可以引起實驗室中擴增產物的累積，通常一次典型的PCR擴增可以產生109拷貝的靶序列，如果氣溶膠化，甚至的氣溶膠都會含有106拷貝的擴增產物。
如果不加以控制，在短期內累積的氣溶膠化擴增產物就會污染實驗室中的試劑、儀器設備和通風系統，造成嚴重的實驗室污染，導致檢驗樣本出現假陽性結果，使臨床做出錯誤的判斷和決策，進而引發后續一系列的事故和恐慌。
臨床基因擴增檢驗實驗室需要依據《機構臨床基因擴增檢驗實驗室管理辦法》、《實驗室生物安全通用要求》、《生物安全實驗室建筑技術規范》等相關規定進行規劃建設。
1、二級生物安全實驗室的裝修
根據《人間的病原微生物名錄》，PCR實驗室所操作致病性生物因子大多屬于第二類病原微生物，實驗活動所需生物安全實驗室級別的生物危害等級為BSL-2。列舉裝修要點如下：
1、實驗室墻壁、頂板和地板應當光滑、易清潔、防滲漏并耐化學品和消毒劑的腐蝕。地面應防滑，不得在實驗室內鋪設地毯和懸掛窗簾。實驗室的墻體，包括頂棚，應結構牢固、氣密性好、所有陰角采用圓弧形線條過渡；墻體內壁光潔、不吸附、耐腐蝕、易清洗消毒；墻體和吊頂建議使用彩鋼板。
2、地面材料應滿足無縫隙、無滲漏、光潔、耐腐蝕的要求。
3、燈具要選用凈化燈具，能達到便于清洗、不積塵的特點。實驗室應設應急照明裝置，同時考慮合適的安裝位置，以保證人員安全離開實驗室。
4、有可靠的電力供應和應急照明。每個房間必須裝有紫外線殺菌燈，殺菌燈的安裝高度在1.8～2.1m之間。
5、傳遞窗內部安裝有紫外燈，供消毒用。
6、應配備足夠的固定電源插座，避免多臺設備使用共同的電源插座。應有可靠的接地系統，應在關鍵節點安裝漏電保護裝置或監測報警裝置。
7、實驗室臺(桌)柜和座椅等應穩固和堅固，邊角應圓滑。實驗臺面應防水，并能耐受熱、、酸堿、消毒劑及其他化學劑。一般采用環氧樹脂臺面。
8、實驗臺中的櫥柜和實驗臺應牢固，實驗臺、柜和其他設備之間應保持一定距離，以便清潔。
9、實驗室門為凈化門，應有可視窗并帶自動閉門器，實驗室的門與門不能相對開啟，必須錯位開啟。并達到適當的防火等級，門鎖及門的開啟方向應不妨礙室內人員逃生。
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